ลินุกซ์มีการกำหนดมาตรฐานการใช้งานไดเร็คทอรี่ไว้ซึ่งผู้พัฒนาซอฟต์แวร์จะต้องใช้งานให้สอดคล้องกับมาตรฐานที่กำหนดไว้ โดยการใช้งานของไดเร็คทอรี่ต่างๆเป็นดังนี้

     ไดเร็คทอรี bin (/bin) : จะเก็บโปรแกรมคำสั่งที่ใช้ในการบู๊ตระบบและโปรแกรมคำสั่งที่ใช้โดยผู้ใช้งานทั่วไป เช่น ls, ps, cp

     ไดเร็คทอรี home : ผู้ใช้งานในลินุกซ์จะมีไดเร็คทอรี่ home ของตนเองภายใต้ /home เช่น /home/somchai (ยกเว้น ผู้ใช้งานที่เป็น root หรือ superuser หรือ system administrator ที่มี /root เป็นไดเร็คทอรี่ home) 

     ไดเร็คทอรี่ sbin (/sbin) : จะเก็บโปรแกรมคำสั่งที่ใช้โดย root เช่น fck shutdown

     ไดเร็คทอรี่ proc (/proc) : หรือจะเรียกว่า  pseudo filesystems เนื่องจากภายใต้ไดเร็คทอรี่ proc จะเก็บ virtual file ซึ่งไม่ได้มีอยู่จริงในฮาร์ดิสก์แต่เป็นไฟล์ที่อยู่ในหน่วยความจำซึ่งใช้งานโดยเคอร์เนล ยกตัวอย่างไฟล์สำคัญๆเช่น /proc/cpuinfo, /proc/interrupts, /proc/meminfo, /proc/mounts, /proc/partitions, /proc/version ตัวอย่างสำหรับไดเร็คทอรี่เช่น /proc/<Process-ID-#>, /proc/sys

ภาพแสดงตัวอย่างข้อมูลของ cpu ซึ่งเป็น virtual file

     ไดเร็คทอรี่ dev (/dev) : เป็นไดเร็คทอรี่ใช้เก็บ virtual file ของอุปกรณ์ต่างๆที่เรียกว่า device node ยกเว้นอุปกรณ์เครือข่าย (network device) โดยแต่ละไดเร็คทอรี่ย่อยภายใต้ /dev จะเป็นจุดเชื่อมต่อ (mount point) กับอุปกรณ์ต่างๆ 

     device node จะถูกสร้างและจัดการโดยโปรแกรม udev ซึ่งเป็นตัวจัดการอุปกรณ์ในลินุกซ์ ตัวอย่างของไฟล์เช่น /dev/sda1 หมายถึงพาร์ทิชั่นแรกของฮาร์ดดิสก์ตัวแรก, /dev/lp1 หมายถึงเครื่องพิมพ์เครื่องที่หนึ่ง, /dev/dvd1 หมายถึง DVD drive อันแรก เป็นต้น

ภาพแสดงตัวอย่างไดเร็คทอรี่ dev

     ไดเร็คทอรี่ var (/var) : เป็นไดเร็คทอรี่ใช้เก็บไฟล์ที่มีการเปลี่ยนแปลงเนื้อหาและขนาดอยู่ตลอดเวลาที่ระบบทำงาน (var ย่อมาจาก variable)  ซึ่งโดยมากจะเป็นพวก log ไฟล์ต่างๆ ข้อมูลแคชของโปรแกรมจำพวก proxy เก็บอีเมล์ เป็น spool เก็บงานพิมพ์ก่อนส่งไปพิมพ์ รวมถึงไฟล์ที่จะให้บริการผ่านเครือข่าย (network service) เช่น ftp (/var/ftp) และ http (/var/www)  ก็จะเก็บอยู่ภายใต้ไดเร็คทอรี่ var เช่นกัน ตัวอย่างเช่น

  • System log files จะอยู่ที่ /var/log
  • Packages and database files จะอยู่ที่ /var/lib
  • Print queues จะอยู่ที่ /var/spool
  • Temp files จะอยู่ที่ /var/tmp

     ไดเร็คทอรี่ etc (/etc) : เป็นไดเร็คทอรี่ใช้เก็บไฟล์ configuration ต่างๆของระบบปฏิบัติการลินุกซ์ และเฉพาะผู้ใช้งานที่มีสิทธิ root เท่านั้นจึงจะแก้ไขได้ (สำหรับไฟล์ configuration ในส่วนของผู้ใช้งานจะเก็บอยู่ที่ไดเร็คทอรี่ home ของตัวเอง) ตัวอย่างเช่น ไฟล์ resolv.conf จะเป็นตัวที่บอกระบบว่าให้ไปที่เครื่อง (Server หรือ Host) ไหนเพื่อแปลงค่า (mapping) จากชื่อเครื่อง (Host Name) ไปเป็นที่อยู่ไอพี (IP Address)  หรือ ไฟล์ที่ใช้ในการจัดการบัญชีผู้ใช้งาน (user account) เช่น passwd, shadow และ group ก็อยู่ภายใต้ไดเร็คทอรี่ etc 

     ไดเร็คทอรี่ boot (/boot) : เป็นไดเร็คทอรี่ที่ใช้เก็บไฟล์ในการบู๊ตระบบ โดยทั่วไปจะมีไฟล์สำคัญๆอยู่ 4 ไฟล์ตามรายละเอียดด้านล่างโดยแต่ละไฟล์จะมีเลขที่เวอร์ชั่นต่อท้ายชื่อไฟล์

  • vmlinuz เป็นไฟล์บีบอัดของลิกนุกซ์เคอร์เนลที่จะถูกใช้ตอนบู๊ตระบบ
  • initramfs เป็นไฟล์แสดงระบบโครงสร้างแฟ้มข้อมูล จะถูกใช้ในขั้นตอนการบู๊ตระบบ บางครั้งเรียก initrd หรือ initramfs
  • config เป็นไฟล์การตั้งค่าของเคอร์เนลใช้ในการตรวจสอบข้อผิดพลาดและเก็บค่าที่ต้องใช้งาน
  • System.map เป็นไฟล์ตารางการเก็บค่าต่างๆของเคอร์เนลเพื่อใช้ในการตรวจสอบข้อผิดพลาด
  • ไฟล์บู๊ตโหลดเดอร์ เช่น GRUB (Grand Unified Bootloader ) รวมถึงไฟล์การตั้งค่า /boot/grub/grub.conf หรือ /boot/grub2/grub2.cfg ก็อยู่ภายใต้ /boot เช่นกัน 

     ไดเร็คทอรี่ lib และ lib64 (/lib หรือ /lib64 ) : เป็นไฟล์ไลบรารี่โปรแกรมสำหรับให้โปรแกรมต่างๆที่อยู่ภายใต้ /bin และ /sbin เรียกใช้ ไฟล์ไลบรารี่โปรแกมเหล่านี้มักเรียกกันว่า dynamically loaded libraries หรือ shared libraries หรือ Shared Objects (SO) สำหรับโมดูลของเคอร์เนลจะอยู่ที่ /lib/modules/<kernel-version-number>

     ไดเร็คทอรี่ media, run และ mnt (/media, /run และ /mnt) : เป็นไดเร็คทอรี่ mount point สำหรับ mount อุปกรณ์เก็บข้อมูล  เช่น ฮาร์ดดิสก์ ไดรว์ซีดีรอม หรือ ไดรว์ usb เพื่อให้เราสามารถเข้าถึงข้อมูลในอุปกรณ์เหล่านั้นได้ผ่านระบบแฟ้มข้อมูล โดยลินุกซ์จะ mount อุปกรณ์โดยอัตโนมัติเมื่อตรวจพบว่ามีอุปกรณ์เชื่อมต่อกับเครื่องคอมพิวเตอร์ ในอดีตที่ผ่านมาจะ mount อุปกรณ์เหล่านี้ไปยัง mount point ภายใต้  /media แต่สำหรับลินุกซ์รุ่นใหม่ๆ mount point จะอยู่ภายใต้ /run สำหรับ /mnt จะถูกใช้เพื่อเก็บ mount point สำหรับระบบแฟ้มข้อมูลชั่วคราวที่เกิดจาก mount ไปยังโครงสร้างแฟ้มข้อมูลของเครื่องอื่นโดยใช้ NFS 

     ไดเร็คทอรี่ opt (/opt) : เป็นไดเร็คทอรี่สำหรับเก็บซอฟแวร์แพจเกจในบางกรณี

     ไดเร็คทอรี่ sys (/sys) : เป็นไดเร็คทอรี่ที่เก็บข้อมูลเกี่ยวกับระบบและฮาร์ดแวร์ที่ระบบใช้งานเพื่อเป็นข้อมูลในการแก้ไขค่าพารามิเตอร์ของระบบหรือเพื่อเป็นข้อมูลในการแก้ไขข้อผิดพลาด

     ไดเร็คทอรี่ srv (/srv) : เป็นไดเร็คทอรี่ที่เก็บไฟล์ที่เกิดจากทำงานของระบบแต่ไม่ค่อยถูกใช้

     ไดเร็คทอรี่ tmp (/tmp) : เป็นไดเร็คทอรี่ที่เก็บไฟล์ชั่วคราวที่เกิดจากการทำงานของระบบในช่วงรีบู๊ตและจะถูกลบออกหลังจากใช้งานเสร็จ

     ไดเร็คทอรี่ usr (/usr) : จะเก็บโปรแกรมคำสั่งที่ไม่เกี่ยวข้องกับการบู๊ตระบบ ทั้งโปรแกรมของ root และ ของผู้ใช้งานทั่วไป เก็บโปรแกมที่เพิ่งติดตั้งลงไปใหม่ เก็บซอร์สโค๊ดของโมดูลและเคอร์เนล เก็บเอกสารประกอบซอฟแวร์ทั้งหลายของระบบ เก็บ man page ฟอนต์ ข้อมูลการตั้งค่าของ X Window และอื่นๆ ภายใต้ /usr ประกอบด้วยไดเร็คทอรี่ย่อยหลายๆไดเร็คทอรี่ ที่สำคัญคือ

  • /usr/include เก็บ Header files ที่ใช้ในการคอมไฟล์แอพพลิเคชั่น
  • /usr/lib เก็บโปรแกรมไลบรารี่สำหรับโปรแกรมใน /usr/bin และ /usr/sbin
  • /usr/lib64 เก็บโปรแกรมไลบรารี่แบบ 64 บิตสำหรับโปรแกรมที่เป็น 64 บิตใน /usr/bin และ /usr/sbin
  • /usr/sbin เก็บโปรแกรมไลบรารี่ของระบบที่ไม่ใช่โปรแกรมที่ใช้ในการบู๊ต เช่น โปรแกรมที่เป็น deamon
  • /usr/share เป็นพื้นที่ที่แอพพลิชั่นใช้ในการแชร์ข้อมูลระหว่างกัน
  • /usr/src เป็นพื้นที่ที่ใช้เก็บซอร์สโค๊ดของเคอร์เนล
  • /usr/local เป็นพื้นที่ที่เก็บข้อมูลและโปรแกรมเฉพาะที่ใช้กับเครื่องตัวเอง โดยมีไดเร็คทอรี่ย่อย เช่น bin, sbin, lib, share,include เป็นต้น
  • /usr/bin เป็นไดเร็คทอรี่ที่เก็บโปรแกรมที่เป็นคำสั่งใช้งาน 

       ไดเร็คทอรี่ root (/root) : เป็น home directory ของผู้ดูแลระบบ (root)